Так в самом Torrent есть три вида удаления :
1) удалить торрент (ссылка на фай закачки)
2) удалить торрент и загруженные данные (удаляет ссылку и сам файл)
3) удалить только загруженные данные (файл загрузки удаляется, а сама ссылка остаётся)

Всегда пользуюсь вторым вариантом, если например посмотрел фильм и нужно очистить диск
Если,например,скачал сборник МР3 и,прослушав его,удалил с половины всякой дряни,то удаляю только по первому варианту, т.е. только торрент, чтоб файлы не удалились, а сама ссылка удалилась. Ведь всё равно она уже не будет нужна при раздаче, раз я уже из сборника удалил несколько файлов и другие уже с моего компа раздачу не подхватят
Так что не вижу смысла в этой проге - Torrent Cleaner
И мой вам совет - не качайте все в одну папку, типа ,,та потом разберусь что к чему,,
Создайте папки по типам : Видео. Игры. Музыка. Программы. )) Тогда будет порядок !!