1. Непременный секретарь
Этот фильм посвящен Сергею Федоровичу Ольденбургу, который на протяжении четверти века был непременным секретарем с начала Императорской, затем Российской, а потом Академии наук СССР. Ольденбург по своим взглядам был убежденным монархистом, но после 1917 года он понял, что необходимо сотрудничать с большевиками для сохранения Академии и ученых. Трудности этих компромиссов и борьба с новой властью связаны были с выборами 1929 года. В этот период и начинается драматическая история бывшей Императорской академии.
2. Тайна конверта №607
Обыск в 14-й комнате библиотеки Академии наук, который и явился началом всего "Академического дела".
3. Академическое дело с продолжением
Рассказ об аресте ученых по "Академическому делу" в 1930-е годы. Вместе с известными учеными были арестованы и члены кружка молодых историков, среди которых была Наталья Сергеевна Штакельберг, оставившая воспоминания о днях, проведенных в следственном изоляторе.
4. Черные шары на красном поле
Фильм о том, чем обернулось для академиков, нежелание проголосовать за кандидатов-коммунистов; о судьбах родных, которые оказались невольно привязанными ГПУ к старому "Академическому делу".
Так, была расстреляна вся семья Бенешевичей, а в 1942 году сын известного историка Сергея Федоровича Платонова; тогда пострадали не только ученые и их дети, но даже внуки.