Действие игры происходит в недрах горы Чёрная Меза, расположенной в американском штате Нью-Мексико. Именно там по сюжету находится федеральный исследовательский центр, ставший местом проведения сверхсекретных исследований. Действующий персонаж игры — молодой научный сотрудник Гордон Фримен, работающий в лаборатории аномальных материалов. Обладая низким уровнем допуска, учёный не подозревает о том, какие опасности таит в себе предстоящая работа. Однажды утром Гордона направляют в тестовую камеру для проведения стандартного анализа кристалла. Результаты эксперимента, однако, оказываются весьма нестандартными.
Сразу после катастрофы через пробитый пространственный барьер в исследовательский центр попадают существа другой цивилизации из параллельного измерения, называемого «Зен (Xen)». Начинается паника. Фауна параллельного мира ведёт себя крайне враждебно к учёным из Чёрной Мезы, практически весь персонал погибает. Вышедший из-под контроля эксперимент пытаются остановить военные. Для локализации и устранения угрозы в Чёрную Мезу направляются военные подразделения, которые параллельно зачищают территорию комплекса от выживших свидетелей. Гордон, оказавшись облаченным в защитный костюм, пытается спастись и выбраться из исследовательского комплекса.

Официальное продолжение знаменитой игры игры Half-Life. Вам предстоит вернуться в знакомую обстановку научной базы и другого мира, только увидеть все с другой стороны (глазами солдата Эдриана).
Нововведения:
-Новые враждебные расы
-новые виды оружия
-40 новых территорий
-Новые навыки, например использование радио и лазание по веревкам.
-Усовершенствованный AI

Демоверсия Half-life. Uplink представил игрокам основные типы врагов, персонажей и оружия из полной версии игры, но в отличие от других официальных демоверсий, Half-Life: Day One и Half-Life 2: Demo, уровни и сценарий взяты не из оригинальной игры. Uplink является вырезанным в стадии разработки эпизодом из Half-Life; его события должны были происходить перед главой «Ядро Лямбды». Помимо вырезанного эпизода Uplink включает в себя тренировочный уровень «Курс подготовки» из полной версии Half-Life.