Во второй части представлены некоторые новые виды оружия, в частности «лазер», способный одним выстрелом убивать сразу нескольких расположенных в линию вражеских солдат и с лёгкостью разрушающий бронетехнику неприятеля. «Огненные бомбы», появляющиеся на втором уровне, помогают расчистить путь от враждебно настроенных мумий. Есть также «бронебойные заряды прямого действия», используемые во время управления танком — в случае прямого попадания они разрушают вражеские боевые единицы практически мгновенно. Появились и новые средства передвижения, такие как верблюд с установленным шестиствольным авиационным пулемётом, прыгающий механизм «слагноид» и заряженный ракетами воздух-воздух реактивный самолёт вертикального взлёта.

Важным аспектом геймплея являются превращения персонажей. Уже на втором уровне в качестве противников выступают мумии, своим дыханием превращающие героев в таких же замотанных бинтами мертвецов — в этом случае скорость их передвижения резко снижается, а из оружия остаётся один лишь слабый пистолет, кроме того, существенно падает скорость метания гранат. Второе касание фиолетового дыхания приводит к потере жизни, но от проклятия можно избавиться, если найти одно из разбросанных по уровню противоядий. Позже по игре персонажи, собравшие в ходе прохождения много съестных продуктов, могут превратиться в толстяков — они сохраняют накопленное оружие, но действует оно несколько иначе. Например, нож заменяется вилкой, возрастает величина снарядов. Ожирение пропадает после гибели персонажа, либо после нахождения порошка для похудения.

Metal Slug 2 — это первая игра в серии, где дружественные персонажи не просто снабжают героев предметами, но помогают им в бою своим непосредственным участием.

В экспортно-ориентированном ремейке Metal Slug X в глаза бросается политкорректная замена египтян-ополченцев на солдат Мордена, хотя именно из соображений политкорректности авторы позволили очкастой девочке в первом же уровне поубивать толпу бородатых сексистов.