Гордон обнаруживает себя на Земле недалекого будущего, где вся власть принадлежит инопланетному правительству, которое называет себя Альянсом. Альянс согнал людей в города и заставляет повиноваться, выкачивая из земли ресурсы и подавляя инстинкт людей к размножению. Несогласных же отряды Альянса уничтожают, поэтому борцы с режимом перешли к партизанской войне.

Гордону предстоит пройти длинный путь от вокзала Сити-17, столицы Альянса на Земле, до своих друзей из "Черной Мезы", которые расположились далеко за городом. Цель Фримена каждый раз меняется, однако в результате именно его руками повстанцы хотят нанести решающий удар в сердце инопланетных захватчиков.